Phụ cấp độc hại khi quyết toán thuế TNCN

Xin luật sư tư vấn về khoản trả phụ cấp độc hại cho người lao động  khi quyết toán thuế TNCN  : 

Doanh nghiệp tư nhân  ký hợp đồng lao động với người lao động như sau :  

Mức lương : 1.000.000đ/ ngày  ( Đã bao gồm 40% phụ cấp độc hại ) ( Mức 0.4 theo thông tư 07 ) 

Theo thông tư 111 thì khoản thu nhập này là thu nhập không chịu thuế nên khi quyết toán thuế TNCN kế toán đã  trừ  khoản  thu nhập này ra khỏi thu nhập chịu thuế   

Thu nhập chịu thuế = 1.000.000 - 400.000 = 600.000đ x ngày công 

Xin luật sư tư vấn kế toán  làm như vậy có đúng luật hay sai ?Vì khi quyết toán TNCN  bên chi cục thuế họ chỉ cho tính mức phụ cấp độc hại này  theo mức lương cơ bản của nhà nước quy định là 

200.000đ/tháng  x 0.4  = 50.000đ/tháng . 

Nhưng theo khoản 2 điều 2 chương 1 thông tư 111/2013/TT-BTC  nêu rỏ : 

"Trường hợp các văn bản  hướng dẫn về  các khoản phụ cấp, trợ cấp, mức phụ cấp , trợ cấp áp dụng đối với khu vực nhà nước thì các thành phần kinh tế khác, các cơ sở kinh doanh khác được căn cứ  vào danh mục và mức phụ cấp, trợ cấp hướng dẫn đối với khu vực nhà nước để tính trừ " 

Vì không có thông tư nào quy định mức phụ cấp độc hại nguy hiểm cho lao động ngoài nhà nước . 

Tại mục 4 phần III thông tư 07/2005/TT-BNV  ghi " Người làm việc theo chế độ hợp đồng lao động làm những công việc độc hại, nguy hiểm hoặc làm việc trực tiếp ở nơi độc hại nguy hiểm trong các cơ quan nhà nước và các đơn vị  sự nghiệp của nhà nước , thì phụ  cấp độc hại, nguy hiểm ( nếu có )  được thoả thuận trong hợp đồng lao động . 

Vì vậy mình mới áp mức phụ cấp ( 0.4)  x với mức lương thoả thuận trong hợp đồng lao động . ( Theo mình nghĩ là thông tư 111 chỉ  yêu cầu căn cứ vào danh mục và mức phụ cấp thôi chứ đâu có bắt buộc về mức lương ) 

Chi cục thuế thì chỉ chấp nhận là (0.4) x mức lương tối thiểu chung do nhà nước quy định 

Có ai rành về phần này giúp mình với  .