Việc thành lập chi nhánh hay không là do công ty bạn quyết định, luật không bắt buộc, việc kê khai thuế và nộp thuế tùy thuộc vào việc có hạch toán kế toán hay hạch toán phụ thuộc.Căn cứ thông tư 129/2008/TT-BTC.
-"Người nộp thuế kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) đóng trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì phải nộp thuế GTGT tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất và địa phương nơi đóng trụ sở chính".
-"Cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc có hạch toán kế toán thì phải đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi sản xuất, khi xuất bán thành phẩm hoặc thành phẩm, kể cả xuất cho trụ sở chính phải sử dụng hoá đơn GTGT làm căn cứ kê khai, nộp thuế tại địa phương nơi sản xuất.
Trường hợp cơ sở sản xuất phụ thuộc không thực hiện hạch toán kế toán thì người nộp thuế tại trụ sở chính phải nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế GTGT 10%) hoặc theo tỷ lệ 1% (đối với hàng hoá chịu thuế suất thuế GTGT 5%) trên doanh thu theo giá chưa có thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra hoặc sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất.
Số thuế GTGT người nộp thuế đã nộp cho cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được trừ vào số thuế GTGT phải nộp của người nộp thuế tại địa phương nơi đóng trụ sở chính
