Vấn đề xuất hóa đơn cho công ty vận chuyển vì làm hao hụt

Xin chào luật sư ! Hôm nay công ty em nhận được công văn cục thuế và em không biết xử lý thế nào, nên kính mong luật sư tư vấn:

Công ty của em có mua cá do 1 công ty A tự nuôi 100 tấn và công ty đó xuất hóa đơn mặt hàng cá không thuộc diện chịu thuế cho công ty em. Bên em đã trả tiền cho công ty A đầy đủ.

Bên công ty em có thuê công ty B vận chuyển 100 tấn cá đó về công ty em, nhưng khi về tới công ty thì chỉ còn có 80 tấn. Nên công ty em xuất hóa đơn có giá trị 20 tấn đó cho công ty B để đòi tiền hao hụt khi vận chuyển. Công ty em xuất hóa đơn thu hộ và khi lập tờ khai thuế GTGT thì đưa vào chỉ tiêu trên vào mục không phải tổng hợp trên tờ khai.

Nhưng hôm nay nhận được công văn của cục thuế, bên đó bảo là việc hao hụt và xuất lại hóa đơn cho công ty B là thuộc thương mại nên phải xuất thuế suất 5% mà thực tế thì công ty có bán cá gì cho công ty B đâu, chỉ là đòi tiền hao hụt khi vận chuyển thôi.

Kính mong luật sư tư vấn giùm em, là bên em xuất thế đúng hay sai? Nếu đúng thì phải giải trình như thế nào cho bên cục thuế? Còn nếu bên em sai thì phải làm như thế nào?

Chân thành cám ơn luật sư đã tư vấn! Chúc luật sư mạnh khỏe.