Theo hướng dẫn của thông tư 28/2011/TT-BTC :'"Kho bạc nhà nước trên địa bàn có trách nhiệm khấu trừ số thuế GTGT để nộp vào ngân sách nhà nước theo tỷ lệ quy định là 2% trên số tiền thanh toán khối lượng các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản trên địa bàn bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, các dự án ODA thuộc diện chịu thuế GTGT.
Chủ đầu tư có trách nhiệm lập các chứng từ đề nghị chi NSNN gửi KBNN để kiểm soát, thanh toán theo quy định hiện hành và bổ sung thêm việc kê khai chi tiết tên, địa chỉ, mã số thuế của đơn vị nhận thầu để KBNN thực hiện khấu trừ thuế GTGT.
Sau khi KBNN thực hiện kiểm soát và phê duyệt các chứng từ thanh toán cho các công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN, các dự án ODA thuộc diện chịu thuế GTGT, KBNN thực hiện lập chứng từ nộp tiền vào NSNN theo mẫu quy định tại Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính.
Căn cứ vào hồ sơ chứng từ thanh toán được phê duyệt và chứng từ nộp tiền vào NSNN, Kho bạc nhà nước thực hiện thanh toán cho nhà thầu (bằng tổng số thanh toán trừ đi số thuế GTGT phải nộp), đồng thời thực hiện hạch toán thu NSNN (đối với khoản khấu trừ thuế GTGT). Kho bạc nhà nước trả chủ đầu tư để trả cho nhà thầu một liên chứng từ nộp tiền vào NSNN. Số thuế GTGT do Kho bạc nhà nước khấu trừ theo chứng từ nộp tiền vào NSNN này được trừ vào số thuế GTGT phải nộp của người nộp thuế là đơn vị nhận thầu. Chủ đầu tư thực hiện theo dõi việc giao nhận giấy nộp tiền với người cung cấp hàng hoá, dịch vụ. Trường hợp nếu chủ đầu tư thấy cần thiết phải lưu 1 liên chứng từ nộp tiền để đối chiếu với nhà thầu, thì chủ đầu tư chụp để lưu tại đơn vị.
Kho bạc nhà nước trên địa bàn có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế địa phương trong việc thu thuế GTGT các công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước trên địa bàn bảo đảm việc thu thuế được thuận lợi, kịp thời và đúng quy định."
Thông tư nầy không hướng dẫn làm thế nào để được trừ, trong khi các báo cáo thuế GTGT không có mục nào để bạn ghi số thuế GTGT đã bị khấu trừ. Bạn nên trực tiếp gặp cán bộ thuế để được hướng dẫn cụ thể.