Bán hàng không có trong đăng ký kinh doanh

Cty X trong năm 2010 chuyên kinh doanh mặt hàng A (có trong ĐKKD), tháng 12/2010 cty có mua thêm mặt hàng B (không có trong ĐKKD) theo yêu cầu của người mua là Cty Y đặt mua hàng. Ngoài ra chi phí vận chuyển khách hàng cũng yêu cầu cty X phải lo luôn và thống nhất là tính luôn vào hóa đơn bán hàng của bên bán để thanh toán 1 lần. Cty X đồng ý với đơn đặt hàng của Cty Y và khi bán hàng đã xuất hóa đơn GTGT ghi:

-                   HH A : 300tr , HH B: 200tr, chi phí vận chuyển: 10tr, tổng tiền hàng là: 510tr; TS: 10% là 51tr; tổng thanh toán là: 561tr (bao gồm cả thuế GTGT).

-                   Cty Y đã thanh toán chuyển khoản và đã khấu trừ thuế GTGT đầu vào và tính vào chi phí được trừ giá trị hàng hóa mua về để kinh doanh.

 Tháng 6 năm 2011 Đoàn thanh tra Cục thuế vào kiểm tra Quyết toán thuế năm 2010 của  2 cty X và Y (2 cty cùng trong 1 Tỉnh) và có kết luận như sau:

 I/ Đối với cty Y:

 a/ Xuất toán không cho khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn mua hàng của cty Y vì lấy hóa đơn như trên? Truy thu và xử phạt theo qui định tại NĐ 98 và TT 61? Tại sao DN bị phạt? Giải thích? 

 b/ Xuất toán giá vốn hàng bán của HH B và chi phí vận chuyển ra khỏi chi phí được trừ đồng thời truy thu và xử phạt thuế TNDN? Tại sao DN bị xuất toán? Giải thích?

 II/ Đối với cty X:

 Không chấp nhận phần giá vốn HH B mua vào và chi phí vận chuyển. Xử phạt ấn định thuế GTGT và thuế TNDN đối với HH B và CP vận chuyển? Tại sao cty X lại bị phạt? Giải thích?

Xin cho biết : Việc cả DN mua (cty Y) và DN bán (cty X) đều bị thiệt hại về kinh tế do bị phạt thuế là do sai luật thuế hay luật chuyên ngành? Nếu là sai ở luật chuyên ngành thì DN bị sai ở luật nào? Tại sao hầu hết các DN khi bị sai như trên đều không thể giải thích được? Giải pháp chống tổn thất cho DN?