Xuất hóa đơn VAT

Chào luật sư!
Công ty em có một hợp đồng tư vấn xây dựng về hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 2000 vào tháng 9 năm 2008. Nhưng do khách hàng không tiếp tục triển khai công việc nên công ty em chỉ hoàn thành 80% giá trị hợp đồng. Do vậy nên trị giá hợp đồng còn lại bây giờ là 80% so với hợp đồng ban đầu. Và đến tháng 4 năm 2009, khách  hàng chuyển khoản 50% giá trị hợp đồng tư vấn đó. Nhưng lúc đó công ty em vẫn chưa xuất hóa đơn cho khách hàng. Giá trị hợp đồng còn lại thì đến nay khách hàng vẫn chưa thanh tóan cho công ty bên em. Nay khách hàng muốn ký với công ty em một hợp đồng tư vấn mới. Nên công ty em đề nghị khách hàng thanh tóan hết giá trị hợp đồng còn lại. Vậy em muốn hỏi luật sư là em phải xuất hóa đơn như thế nào cho hợp lý? Rất mong sớm nhận được sự tư vấn của luật sư!