Xuất hóa đơn GTGT phục vụ nhu cầu nội bộ công ty

Em làm ở một Ban quản lý dự án, hiện tại em đang gặp một vấn đề thực tế, mong các Luật sư nhiệt tình tư vấn giúp:

- Có một anh nhà thầu A thi công 1 công trình X (vốn ngân sách), anh nhà thầu A có năng lực về khai thác Đá xây dựng và thực tế là đang quản lý một bãi Đá xây dựng có khai thác Đá để bán hằng năm và có kê khai đóng thuế đàng hoàn cho bãi Đá này. Khi thi công công trình X, anh nhà thầu A dùng Đá ở bãi đá do mình quản lý ở trên để thi công. Khi quyết toán công trình X, Chủ đầu tư yêu cầu anh nhà thầu A xuất hóa đơn vật liệu Đá xây dựng để kiểm tra nguồn gốc vật liệu đầu vào, góp phần kiểm soát thuế VAT, thuế Tài nguyên, phí Bảo vệ môi trường trên địa bàn. anh nhà thầu A không đồng ý xuất hóa đơn Đá xây dựng với lý do: " không thể tự xuất hóa đơn cho mình"...anh nhà thầu A ý kiến như vậy có đúng hay không..?

Nếu nhà thầu A nói đúng thì nội dung 

"không thể tự xuất hóa đơn cho mình" được quy định ở Thông tư nào của Bộ Tài chính ạ?