Xuất hóa đơn công ty mẹ hay chi nhánh?

Tháng 4 năm 2010, công ty tôi có ký hợp đồng cung cấp thiết bị chiết rót chất lỏng với công ty A ở Đồng Nai. Công ty A đã thanh toán 50%. Công ty tôi đã bàn giao thiết bị ( thiết bị vẫn chưa lắp ráp vì còn thiếu một số linh kiện nên chưa sử dụng được). Theo thỏa thuận hợp đồng, công ty A sẽ phải thanh toán tiếp 50%, công ty tôi mới lắp hoàn chỉnh  và bàn giao đưa vào sử dụng. Sau nhiều lần liên hệ, đầu năm 2011, công ty A cử nhân viên đến công ty tôi để bàn hướng giải quyết. Theo anh, công ty A đã thay đổi chủ sở hữu  công ty và đang hoạt động cho có hình thức chứ không  buôn bán cũng như không có nhu cầu sử dụng số thiết bị trên. Do đó, công ty  đang định hướng mang thiết bị ra chi nhánh Vũng Tàu ( A') sử dụng. Do đó, 50% giá trị còn lại phải chờ khi nào chi nhánh Vũng Tàu A' có nhu cầu sử dụng thì mới thanh toán tiếp. Tháng 8/2014, công ty tôi mới nhận được yêu cầu lắp ráp thiết bị chiết rót hoàn chỉnh ở Vũng Tàu, Chi nhánh A'  đã thanh toán tiếp 10% cho công ty tôi. Tháng 10/2014, chi nhánh A' đã sử dụng được thiết bị nên yêu cầu công ty tôi xuất hóa đơn cho chi nhánh A' thì A' mới thanh toán phần còn lại .  Nếu công ty tôi xuất hóa đơn cho chi nhánh A'   100% giá trị hợp đồng đã ký với công ty mẹ A  năm 2010 thì có hợp lệ không? Nếu không thì công ty tôi phải cần bổ sung thêm văn bản gì nữa  để đủ điều kiện xuất hóa đơn cho chi nhánh A'? 

Rất mong được sự giúp đỡ!