Xác minh nguồn gốc đất

Gia đình tôi có mảnh đất trong khu dân cw3, làng cổ có diện tích 180m2, đất thổ cư được cha ông để lại (đất có từ trước năm 1945).Gia đình tôi đã xây nhà trên thửa đất đó từ năm 1979 và sử dụng ổn định đến nay. Hiện nay gia đình tôi muốn cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất thì được UBND xã cho biết là mảnh đất trên đã được Ban quản lý thôn tính vào định xuất giao ruộng đất nông nghiệp năm 2006, nhưng hiện tại trong giấy chứng nhận quyền sử dụng đất nông nghiệp của gia đình tôi không có phần diện tích trên (UBND xã cho biết nếu muốn cấp GCNQSD Đất ở thì phải chuyển mục đích sử dụng đất và phải mất thuế 100%). Vậy xin hỏi luật sư mảnh đất của gia đình tôi được cha ông đê lại đã xây nhà và sống ổn định từ năm 1979 đến nay mà Ban quản lý thôn tính vào đất nông nghiệp năm 2006 là đúng hay sai; đất thổ cư trong khu dân cư, làng cổ có được đưa vào loại đất nông nghiệp không? Cấp Thôn có thẩm quyền đưa phân định đất không? gia đình tôi muốn làm đơn yêu cầu xác minh, chỉnh lý lại để đảm bảo quyền lợi cần viết như thế nào?