Về vấn đề của bạn, Nghị định 118/2015/NĐ-CP là văn bản hướng dẫn các nội dung tại Luật đầu tư 2014. Theo đó, tại Điều 36 Luật Đầu tư 2014 có nêu:
Điều 36. Trường hợp thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư
1. Các trường hợp phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư:
a) Dự án đầu tư của nhà đầu tư nước ngoài;
b) Dự án đầu tư của tổ chức kinh tế quy định tại khoản 1 Điều 23 của Luật này.
2. Các trường hợp không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư:
a) Dự án đầu tư của nhà đầu tư trong nước;
b) Dự án đầu tư của tổ chức kinh tế quy định tại khoản 2 Điều 23 của Luật này;
c) Đầu tư theo hình thức góp vốn, mua cổ phần, phần vốn góp của tổ chức kinh tế.
...
4. Trường hợp có nhu cầu cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư đối với dự án đầu tư quy định tại điểm a và điểm b khoản 2 Điều này, nhà đầu tư thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo quy định tại Điều 37 của Luật này.
Nội dung tại Điều 29 Nghị định 118/2015/NĐ-CP được nêu chung cho các trường hợp không thuộc diện quyết định chủ trương đầu tư. Khoản 1 nêu chung cho các trường hợp đó chứ không nêu về việc đã triển khai dự án hay chưa. Căn cứ quy định tại Điều 36 trên thì các đối tượng tại Khoản 1 sẽ thuộc trường hợp phải có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư trước khi triển khai dự án. Còn đối với các đối tượng tại Khoản 4 thì chỉ thực hiện cấp khi có nhu cầu, tức có thể triển khai dự án trước, sau đó làm thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư sau cũng được.
Đối với vấn đề thứ hai, như đã trình bày ở trên thì Nghị định 118/2015/NĐ-CP là văn bản hướng dẫn các nội dung tại Luật đầu tư 2014, việc trong Nghị định 118 không có nội dung trường hợp của Quốc hội có nghĩa là Nghị định này không hướng dẫn chi tiết thủ tục mà thôi. Tại Điều 37 Luật Đầu tư 2014 có nêu:
Điều 37. Thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư
1. Đối với dự án đầu tư thuộc diện quyết định chủ trương đầu tư theo quy định tại các Điều 30, 31 và 32 của Luật này, cơ quan đăng ký đầu tư cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư cho nhà đầu tư trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản quyết định chủ trương đầu tư.
Điều 30 trong nội dung trên là dự án thuộc thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư của Quốc hội. Hồ sơ, trình tự, thủ tục quyết định chủ trương đầu tư của Quốc hội được nêu tại Điều 35 cùng văn bản trên. Sau khi được Quyết định chỉ trương đầu tư thì cơ quan đăng ký đầu tư cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư cho nhà đầu tư trong thời hạn 05 ngày làm việc.
Đối với vấn đề thứ ba, tại Luật Đầu tư 2014 có nêu:
Điều 3. Giải thích từ ngữ
Trong Luật này, các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:
...
18. Vốn đầu tư là tiền và tài sản khác để thực hiện hoạt động đầu tư kinh doanh.
...
Điều 39. Nội dung Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư
...
6. Vốn đầu tư của dự án (gồm vốn góp của nhà đầu tư và vốn huy động), tiến độ góp vốn và huy động các nguồn vốn.
Căn cứ quy định trên có thể thấy, vốn đầu tư bao gồm vốn góp và vốn huy động cộng lại. Nên việc vốn góp ít hơn tổng số vốn đầu tư là chuyện bình thường. Hiện không có quy định chung về tỉ lệ mà bạn thắc mắc nên bạn cứ thực hiện dự án như thông thường.
