Về việc trợ cấp thôi việc

Trước đây tôi làm việc cho một Công ty Cổ phần(49% là của nhà nước, 51% là của các cổ đông). Tôi có làm đơn xin nghỉ việc theo đúng trình tự và được Giám đốc duyệt. Tôi bắt đầu vào làm việc tại Công ty từ ngày 1 tháng 4 năm 2002 và nghỉ việc vào 1 tháng 5 năm 2009.
Sau khi nghỉ việc tôi có làm đơn xin chốt sổ bảo hiểm và trợ cấp thôi việc thì phía Công ty có trả lời là nếu muốn có trợ cấp thôi việc thì thời gian đóng BHXH của tôi từ trước đến nay sẽ mất hết vì bên bảo hiểm sẽ thanh toán khoản này chứ Công ty không có trách nhiệm phải thanh toán.
Xin  cho tôi hỏi:
1. Thời gian để tính trợ cấp thôi việc của tôi sẽ bắt đầu từ khi nào?
2.  Nếu tôi nhận trợ cấp thôi việc thì tôi có bị mất sổ BHXH như họ nói không ạ?
3. Nếu như Nội quy Công ty quy định là sẽ không có khoản trợ cấp thôi việc khi nghỉ việc thì có đúng pháp luật không?

Xin cám ơn!