Về quyết toán thuế TNCN năm 2011

Chào quý Luật sư!

Em đang có một vấn đề rất quan trọng và chưa có hướng xử lý, mong luật sư hướng dẫn:

Từ 1/1/2011 đến 09/08/2011 công ty em là công ty phụ thuộc mã số thuế là A, từ 10/08/2011 chuyển đổi thành công ty độc lập có mã số thuế là B. Hàng tháng vẫn kê khai và đóng thuế TNCN cho toàn bộ nhân viên. VD từ tháng 1 đến tháng 8 đóng 2 tỷ

Năm 2011 khi làm quyết toán thuế TNCN thì bên em lại quyết toán cả năm 2011 cho toàn bộ nhân viên vào mã số B phải đóng 3 tỷ. Thì như thông thường thì coi như đã đóng 2 tỷ rồi, sau quyết toàn chỉ đóng 1 tỷ nữa. Mọi việc tưởng như êm xuôi, thì mới đây bên em lên làm thủ tục đóng mã số thuế A thì lên cơ quan thuế in cho sổ nợ và bảo mã B đang nợ 2 tỷ. Lý do cơ quan thuế giải thích rằng đây coi như cá nhân đã có thu nhập tại 2 nơi. Bảo phải làm lại quyết toán thuế 2011.

Theo bên em nghĩ thì công ty chỉ đổi mã số thuế,còn bản chất vẫn là 1. Giờ mà cho cán bộ tự đi quyết toán thì chết

Em rất mong nhận được phản hổi từ các luật sư! Em xin chân thành cảm ơn.