Chào bạn,
Theo mình hiểu thắc mắc của bạn nhìn chung xoay quanh yếu tố giá trị hợp đồng.
Trước hết cần làm rõ rằng, hợp đồng thầu chính (được ký giữa chủ đầu tư và công ty bạn) và hợp đồng thầu phụ (được ký giữa công ty bạn và nhà thầu phụ) về nguyên tắc là hai hợp đồng độc lập nhau. Có thể có những thông tin, điều khoản được tham chiếu, viện dẫn qua lại giữa hai hợp đồng này, nhưng giá trị của một hợp đồng không mặc nhiên phụ thuộc vào hợp đồng còn lại.
Do đó, việc có sự sai khác đơn giá nhân công như bạn đề cập, về bản chất, không nhất thiết cần phải điều chỉnh, vì đơn giá nhân công tại hợp đồng thầu chính cấu thành một phần giá trị hợp đồng thầu chính, và đơn giá nhân công tại hợp đồng thầu phụ cấu thành một phần giá trị hợp đồng thầu phụ, là hai thứ không liên quan đến nhau. Trong trường hợp cần điều chỉnh đơn giá nhân công tại hợp đồng thầu phụ để thuận tiện cho việc đánh giá thanh toán, phát sinh sau này, có thể thực hiện bằng cách xác lập phụ lục hợp đồng.
Đối với sự thiếu sót về thuế suất GTGT áp dụng cho hợp đồng thầu phụ, cần làm rõ giá trị của hợp đồng thầu phụ là giá trị trọn gói, trước thuế hay sau thuế để có hướng xử lý phù hợp. Nếu hợp đồng được ký với giá trị trước thuế thì không cần điều chỉnh, vì thuế suất hiện hành sẽ mặc nhiên được áp dụng khi nghiệm thu, thanh toán khối lượng công việc thực hiện.
