truy thu thuế GTGT hàng nhập khẩu

-  việc nhập khẩu được miễn thuế theo Nghị định số 24/2000/ND-CP ngày 31/7/2000;

Trang thiết bị được nhập khẩu nhiều lần, có một số lô hàng, Hải quan yêu cầu nộp thuế GTGT, chúng tôi đã nộp theo yêu cầu. Các lô hàng hàng còn lại Hải quan ghi không thu VAT (GTGT) nên công ty chúng tôi không nộp.

Nay (gần 5 năm sau) Chi Cục Kiểm tra sau thông quan mời đơn vị đến làm việc và thông báo có 4 lô hàng còn thiếu thuế GTGT, và thông báo sẽ truy thu. 

Vậy xin hỏi: 

Việc không nộp thuế GTGT là do chúng tôi không được yêu cầu nên không nộp, chứ chúng tôi hoàn toàn không trốn thuế - vì công ty chúng tôi có thể khấu trừ thuế GTGT

Nay sau gần 5 năm Hải quan yêu cầu truy thu thuế là đúng hay sai? theo quy định nào? Công ty chúng tôi có thể khiếu nại không nộp thuế với lý do: đây là lỗi của Hải quan không

Nếu bây giờ chúng tôi nộp thuế GTGT thì có được khấu trừ không?