Theo quy định tại Thông tư liên tịch 191/2006/TTLT-TTCP-BNV-BTC Hướng dẫn Quyết định 202/2005/QĐ-TTg về chế độ phụ cấp trách nhiệm theo nghề đối với Thanh tra viên do Thanh tra Chính phủ - Bộ Nội vụ - Bộ Tài chính cùng ban hành thì không hưởng phụ cấp trách nhiệm thanh tra trong các trường hợp:
"4. Đối tượng nêu tại khoản 1 mục I Thông tư này không hưởng phụ cấp trách nhiệm theo nghề Thanh tra trong các trường hợp sau:
a) Miễn nhiệm, nghỉ hưu, thôi việc, nghỉ việc hoặc được thuyên chuyển, điều động sang cơ quan khác không thuộc cơ quan Thanh tra;
b) Thời gian đi công tác, làm việc, học tập ở nước ngoài hưởng 40% tiền lương theo quy định tại khoản 4 Điều 8 Nghị định số 204/2004/NĐ-CP ngày 14 tháng 12 năm 2004 của Chính phủ về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang;
c) Thời gian đi học tập trung trong nước từ 03 tháng liên tục trở lên;
d) Thời gian nghỉ việc riêng không hưởng lương từ 01 tháng liên tục trở lên;
đ) Thời gian nghỉ ốm đau, thai sản vượt quá thời hạn theo quy định tại Điều lệ Bảo hiểm xã hội hiện hành của Nhà nước;
e) Thời gian bị đình chỉ công tác."
Như vậy, chỉ trong trường hợp nghỉ thai sản mà vượt quá thời hạn theo quy định của Luật bảo hiểm xã hội thì mới không được hưởng phụ cấp này, nếu như nghỉ đúng thời gian nghỉ thai sản theo quy định thì trong thời gian nghỉ thai sản vẫn hưởng phụ cấp trách nhiệm thanh tra.