trình tự xin điều chỉnh rút lại tiền nộp nhầm tài khoản ?

Em xin chào luật sư em gặp một trường hợp như sau: ở công ty e vào quý 2-2007 khi quyết toán nộp thuế TNDN chị kế toán vô tình nộp 2 lần vào tài khoản một là Cục thuế TP(nơi mà mã số thuế của công ty đăng ký trực thuộc) và Chi Cục thuế quận nơi công ty đóng trụ sở hoạt động.Đến tháng 8-2011 sau khi kế toán trưởng dò lại chứng từ thì mới phát hiện.Sau đó KTT có làm bảng điều chỉnh thu NSNN.Đầu tiên em cầm giấy tờ này qua chi cục thuế quận xin điều chỉnh thì em nhận được thông báo là vì thời gian nộp qua lâu rồi nên chỉ có thể làm mẫu công văn xin chi cục xác nhận là có xảy ra trường hợp nộp NSNN vào quý 2-2007.Vậy xin cho em hỏi như vậy công ty em có lấy lại được số tiền đã đóng nhầm lần 2 bên chi cục thuế quận hay không?và thực tế việc này do kho bạc quận giải quyết hay chi cục thuế giải quyết.em có được xài công văn bình thường hay phải xài mẫu theo quy định nào? xin cám ơn luật sư.