"2. Đề xuất hướng xử lý
...
a) Về thuế TNDN
- Đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế chưa phải nộp thuế TNDN đối với khoản thu từ dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cho người bệnh có thẻ bảo hiểm y tế và dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh không thuộc phạm vi thanh toán của Quỹ bảo hiểm y tế trong phạm vi khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo quy định của cơ quan có thẩm quyền ban hành chưa tính đầy đủ chi phí.
Trường hợp đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực y tế cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu; hoạt động liên doanh, liên kết; xã hội hóa; hoạt động khác như: đào tạo, nghiên cứu khoa học của đơn vị theo hợp đồng dịch vụ, dịch vụ pha chế thuốc, dịch truyền, sàng lọc máu và các chế phẩm từ máu, vắc xin, sinh phẩm, hoạt động dịch vụ giặt là, ăn uống, vệ sinh, phương tiện đưa đón bệnh nhân, nhà thuốc, trông xe, thu dịch vụ khác thì phải nộp thuế TNDN theo quy định."
"Điều 11. Phương pháp tính thuế
...
5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:
a) Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%. Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật áp dụng mức thuế quy định tại Điểm c Khoản này;
...
c) Đối với hoạt động khác là 2%."
=>> Như vậy, đối với trường hợp bệnh viện là đơn vị sự nghiệp công lập thì đối với các khoản thu từ dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cho người bệnh có thẻ bảo hiểm y tế và dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh không thuộc phạm vi thanh toán của Quỹ bảo hiểm y tế trong phạm vi khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh sẽ không phải nộp thuế TNDN.
- Đối với trường hợp cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu; hoạt động liên doanh, liên kết; xã hội hóa; hoạt động khác như: đào tạo, nghiên cứu khoa học của đơn vị theo hợp đồng dịch vụ, dịch vụ pha chế thuốc, dịch truyền, sàng lọc máu và các chế phẩm từ máu, vắc xin, sinh phẩm, hoạt động dịch vụ giặt là, ăn uống, vệ sinh, phương tiện đưa đón bệnh nhân, nhà thuốc, trông xe, thu dịch vụ khác thì phải nộp thuế TNDN
- Trường hợp phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp thì khoản thuế phải nộp hiện tại là 2%.