Về thuế TNDN trong trường hợp chuyển nhượng lại nhà máy (chuyển nhượng đất và tài sản gắn liên với đất)
Theo quy định tại Điều 2 Thông tư 96/2015/TT-BTC thì:
"Điều 2. Sửa đổi, bổ sung Khoản 2, Điều 4, Thông tư 78/2014/TT-BTC như sau:
...
Thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản theo quy định của pháp luật phải hạch toán riêng để kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp với mức thuế suất 22% (từ ngày 01/01/2016 áp dụng mức thuế suất 20%), không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (trừ phần thu nhập của doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư kinh doanh nhà ở xã hội để bán, cho thuê, cho thuê mua được áp dụng thuế suất thuế TNDN 10% theo quy định tại điểm d khoản 3 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC)."
Theo quy định tại điểm b khoản 5 Điều 16 Thông tư 156/2013/TT-BTC được sửa đổi bởi Điều 16 Thông tư 151/2014/TT-BTC
"Điều 12. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp
...
4. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp
a) Doanh nghiệp có hoạt động chuyển nhượng bất động sản ở cùng địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương với nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính thì kê khai thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp (Cục Thuế hoặc Chi cục Thuế). Trường hợp doanh nghiệp có trụ sở chính tại tỉnh, thành phố này nhưng có hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại tỉnh, thành phố khác thì nộp hồ sơ khai thuế tại Cục Thuế hoặc Chi cục Thuế do Cục trưởng Cục Thuế nơi phát sinh hoạt động chuyển nhượng bất động sản quyết định.
b) Doanh nghiệp không phát sinh thường xuyên hoạt động chuyển nhượng bất động sản thực hiện khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính theo từng lần phát sinh chuyển nhượng bất động sản. Doanh nghiệp không phát sinh thường xuyên hoạt động chuyển nhượng bất động sản là doanh nghiệp không có chức năng kinh doanh bất động sản.
Hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo từng lần chuyển nhượng bất động sản là Tờ khai thuế thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản theo mẫu số 02/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
Kết thúc năm tính thuế khi lập tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tại trụ sở chính, trong đó phải quyết toán riêng số thuế thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản. Tại trụ sở chính, việc xử lý số thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản cụ thể như sau: Trường hợp số thuế đã nộp thấp hơn số thuế phải nộp theo tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp thì doanh nghiệp phải nộp đủ số thuế còn thiếu vào ngân sách nhà nước. Trường hợp số thuế đã nộp lớn hơn số thuế phải nộp theo tờ khai quyết toán thuế thì được trừ (-) số thuế nộp thừa vào số thuế thu nhập doanh nghiệp còn thiếu của hoạt động kinh doanh khác hoặc được trừ (-) vào số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của kỳ tiếp theo hoặc được hoàn thuế theo quy định. Trường hợp hoạt động chuyển nhượng bất động sản bị lỗ thì doanh nghiệp phải theo dõi riêng, thực hiện bù trừ lỗ của hoạt động chuyển nhượng bất động sản với lãi của hoạt động sản xuất kinh doanh khác nếu có (áp dụng từ ngày 1/1/2014) và chuyển lỗ trong các năm sau theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp."
Theo đó trong trường hợp chuyển nhượng nhà máy thì mình phải kê khai theo từng lần phát sinh.
