Trường hợp này hành vi vi phạm của doanh nghiệp được xác định là hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp. Việc xác định mức phạt vi phạm đối với hành vi này được căn cứ vào hai văn bản. Nếu hành vi vi phạm xảy ra trước 1/7/2007 thì doanh nghiệp căn cứ vào nghị định 100/2004/NĐ-CP ngày 25/02/2004, sau ngày 1/7/2007 thì doanh nghiệp căn cứ vào nghị định 98/2007/NĐ-CP ngày 07/06/2007.
Trong trường hợp này, doanh nghiệp sẽ bị phạt 10% trên số tiền thuế nộp thuế đồng thời bị truy thu số tiền thuế nộp thiếu vào ngân sách nhà nước. Doanh nghiệp có thể tham khảo 1 số quy định sau:
Điều 6. Các hình thức xử phạt vi phạm pháp luật thuế
3. Các biện pháp khắc phục hậu quả:
Ngoài các hình thức xử phạt theo quy định tại Điều này, người nộp thuế vi phạm các quy định tại Mục 2 Chương này thì còn có thể bị áp dụng các biện pháp khắc phục hậu quả như sau:
a) Buộc nộp đủ số tiền thuế nợ, tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế gian lận vào ngân sách nhà nước nếu đã quá thời hiệu quy định tại Điều 5 Nghị định này;
Điều 13. Xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn
1. Các trường hợp khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, bao gồm:
a) Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, tăng số thuế được miễn, giảm, nhưng người nộp thuế đã ghi chép kịp thời, đầy đủ, trung thực các nghiệp vụ kinh tế làm phát sinh nghĩa vụ thuế trên sổ kế toán, hoá đơn, chứng từ;
b) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định tại điểm a khoản 1 Điều này nhưng khi bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện, người vi phạm đã tự giác nộp đủ số tiền thuế khai thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế;
c) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, số thuế được giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế xác định là có hành vi khai man trốn thuế, nhưng nếu người nộp thuế vi phạm lần đầu, có tình tiết giảm nhẹ và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử lý thì cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xác định lại hành vi khai thiếu thuế;
d) Sử dụng hoá đơn, chứng từ bất hợp pháp để hạch toán giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, nhưng khi cơ quan thuế kiểm tra phát hiện, người mua chứng minh được lỗi vi phạm sử dụng hoá đơn bất hợp pháp thuộc về bên bán hàng và người mua đã hạch toán kế toán đầy đủ theo quy định.
2. Mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm quy định tại khoản 1 Điều này là 10% tính trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với mức quy định của pháp luật về thuế.
3. Cơ quan thuế xác định số tiền thuế thiếu, số tiền phạt; số ngày chậm nộp tiền thuế, tiền phạt chậm nộp tiền thuế và ra quyết định xử phạt đối với người nộp thuế.
