Pháp luật hiện hành chia ra làm 3 trường hợp:
Trường hợp 1: Đối tượng không chịu thuế GTGT được quy định tại Khoản 1 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC
"1. Sửa đổi khoản 1 Điều 4 như sau:
“1. Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.
Các sản phẩm mới qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay, xay bỏ vỏ, xát bỏ vỏ, tách hạt, tách cọng, cắt, ướp muối, bảo quản lạnh (ướp lạnh, đông lạnh), bảo quản bằng khí sunfuro, bảo quản theo phương thức cho hóa chất để tránh thối rữa, ngâm trong dung dịch lưu huỳnh hoặc ngâm trong dung dịch bảo quản khác và các hình thức bảo quản thông thường khác.
Ví dụ 2: Công ty A ký hợp đồng nuôi heo với Công ty B theo hình thức Công ty B giao cho Công ty A con giống, thức ăn, thuốc thú y, Công ty A giao, bán cho Công ty B sản phẩm heo thì tiền công nuôi heo nhận từ Công ty B và sản phẩm heo Công ty A giao, bán cho Công ty B thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
Sản phẩm heo Công ty B nhận lại từ Công ty A: nếu Công ty B bán ra heo (nguyên con) hoặc thịt heo tươi sống thì sản phẩm bán ra thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, nếu Công ty B đưa heo vào chế biến thành sản phẩm như xúc xích, thịt hun khói, giò hoặc thành các sản phẩm chế biến khác thì sản phẩm bán ra thuộc đối tượng chịu thuế GTGT theo quy định".
Trường hợp 2: Trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT được quy định tại Điều 5 của Thông tư 219/2013/TT-BTC
"Điều 5. Các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT
...
5. Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trên hóa đơn GTGT, ghi dòng giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.
Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo mức thuế suất 5% hướng dẫn tại khoản 5 Điều 10 Thông tư này.
Hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế GTGT theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT khi bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại thì kê khai, tính nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu.
...".
Trường hợp 3: Thuế suất 5% được quy định tại Điều 10 của Thông tư 219/2013/TT-BTC
"Điều 10. Thuế suất 5%
...
5. Sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế, bảo quản (hình thức sơ chế, bảo quản theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 4 Thông tư này) ở khâu kinh doanh thương mại, trừ các trường hợp hướng dẫn tại khoản 5 Điều 5 Thông tư này.
Sản phẩm trồng trọt chưa qua chế biến hướng dẫn tại khoản này bao gồm cả thóc, gạo, ngô, khoai, sắn, lúa mỳ".
Những trường hợp còn lại sẽ được xem xét 10% theo quy định tại Điều 11 của Thông tư 219/2013/TT-BTC
