Bạn thực hiện theo hướng dẫn tại Công văn 5554/TCHQ-TXNK năm 2014 hoàn thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu nộp thừa do Tổng cục Hải quan ban hành
- Trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa thuế GTGT hàng nhập khẩu cho cơ quan Hải quan trong năm ngân sách, trước khi kết thúc thời hạn chỉnh lý quyết toán ngân sách nhà nướcnăm đó mà người nộp thuế hoặc cơ quan Hải quan phát hiện thì thực hiện điều chỉnh thu ngân sách Nhà nước theo mẫu C1-07/NS ban hành kèm theo Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày16/4/2013 về việc đính chính Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013 của Bộ Tài chínhhướng dẫn thực hiện kế toán Nhà nước áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và Kho bạc (TABMIS). Đồng thời, người nộp thuế nộp bản chính Giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước, cơ quan Hải quan xác nhận, ký tên, đóng dấu đơn vị lên mặt trước bản chính của Giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước số tiền thuế GTGT điều chỉnh sang khoản thuế khác để chuyển Kho bạc Nhà nước hạch toán điều chỉnh thu ngân sách Nhà nước.
Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp và đề nghị được hoàn trả khoản thuế nộp nhầm, nộp thừa thì cơ quan Hải quan ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu đính kèm, lập lệnh hoàn trả khoản thu NSNN (theo mẫu 01/LHT: Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước ban hành kèm theo Thông tư số28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính) gửi Kho bạc Nhà nước nơi đã hạch toán thu NSNN đối với khoản thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa để thực hiện giảm thu ngân sách và hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định.
- Trường hợp khoản thuế GTGT hàng nhập khẩu đã nộp, được hoàn trả ngoài năm ngân sách: Cơ quan hải quan nơi người nhập khẩu mở tờ khai tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế, ban hànhquyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu đính kèm, lập lệnh hoàn trả khoản thu NSNN (theo mẫu 01/LHT: Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước ban hành kèm theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính) gửi Kho bạc Nhà nước nơi đã hạch toán thu NSNN đối với khoản thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa để thực hiện chi ngân sách và hoàn trả cho người nộp thuế theo quy định.
Cơ quan Hải quan có trách nhiệm gửi một bản Quyết định hoàn thuế và Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN nêu trên cho cơ quan Thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế để làm cơ sở đối chiếu và thu hồi số thuế GTGT đã khấu trừ hoặc hoàn thuế khâu nội địa (nếu có) của các chứng từ nộp thuế đã được điều chỉnh hoặc hoàn thuế tại cơ quan Hải quan theo quy định.
Người nộp thuế có trách nhiệm tự kê khai điều chỉnh số thuế GTGT đã được cơ quan Hải quan hoàn nhưng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn thuế nội địa trước đó với cơ quan thuế trựctiếp quản lý người nộp thuế.
