Thủ tục thôi việc

xin chào luật sư!
Tại cơ quan tôi, có một cán bộ làm việc được 6 năm và ký hợp đồng dài hạn với nhà trường. Thời gian đóng BH của cán bộ đó là 5 năm. Trong thời gian làm việc tại cơ quan, cơ quan tôi đã tạo điều cho đi học cao học và đã hoàn thành xong. Và bây giờ cán bộ đó viết đơn xin nghỉ việc hôm trước thì hôm sau nghỉ luôn. Cơ quan tôi không chấp nhận đơn nghỉ việc của cán bộ đó và bảo với cán bộ đó là nghỉ thì cơ quan sẽ không giải quyết và xác nhận bất kỳ vấn đề gì liên quan đến cán bộ đó. Cán bộ đó đã đồng ý và nói rằng chấp nhận làm lại từ đầu. và bây giờ cán bộ đó quay lại xin xác nhận nhưng cơ quan tôi vẫn không đồng ý. Vậy theo luật sư cơ quan tôi có đúng không? và đúng thì như thế nào và sai thì sai ở đâu?