Thủ tục Hoá đơn chứng từ

Xin chào luật sư!

Em có mấy vấn đề muốn nhờ luật sư tư vấn như sau:

1. Bên em có nhận gia công hàng cho khách (may mặc), nhưng do quá trình sản xuất hàng bị lỗi nên khách hàng không xuất được lượng hàng đó ra nước ngoài nên bên em phải chịu phạt: Tổng lượng xuất là 5000 pcs, nhưng khách hàng chỉ đồng ý thanh toán và viết hoá đơn 4000 pcs thôi, còn 900 pcs làm biên bản phạt không thanh toán tiền gia công và 100 pcs  phạt theo giá FOB. (Khách hàng sẽ làm biên bản dưới dạng thu hồi hàng lỗi 1000 pcss)

Em muốn hỏi như thế bên em phát hành hoá đơn với số lượng như thế nào ạ? (Thể hiện phần 900 pcs không trả tiền gia công và 100 pcs phạt theo giá FOB như thế nào)?

2. Khi đi nhận xuất hàng có phát sinh một số chi phí hải quan (Kiểm hoá... lên đến 300.000-400.000 đồng. Phí kiểm dịch hàng lông thú: 2.500.000 đồng) không có chứng từ mà do xảy ra thường xuyên nên bên em chỉ ban hành quy chế công ty. Như vậy khi quyết toán những khoản chi phí này có được đưa vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN không ạ?

Em xin cảm ơn!