Sửa chữa thường xuyên do đơn vị tự làm có phải viết hóa đơn GTGT hay không?

Công ty tôi là công ty thủy lợi 100% vốn nhà nước. Công ty có 2 đơn vị trực thuộc (xí nghiệp xây lắp cơ điện và xí nghiệp thiết kế) hạch toán báo sổ tự cân đối thu, chi trả lương và các khoản cho ng lao động. Hai đơn vị này không có tư cách pháp nhân. mã số thuế, tài khoản ngân hàng, giao dịch với cơ quan thuế đều do công ty kê khai và nộp thuế. Hàng năm công ty được giao chỉ tiêu kế hoạch trong đó có chỉ tiêu chi phí sửa chữa thường xuyên, sửa chữa lớn ( tự cân đối) trên cơ sở có phát sinh sự cố, hư hỏng thường là nhỏ lẻ( sửa chữa máy bơm, tu bổ công trình) Công ty giao cho 2 đơn vị trên lập dự toán trình công ty duyệt và có thể giao đơn vị xây lắp tự thực hiện để đảm bảo tưới tiêu, phục vụ sản xuất nông nghiệp. Xin hỏi khối lượng hoàn thành mà 2 đơn vị thực hiện có phải xuất hóa đơn và nộp thuế GTGT hay không?