Nộp thuế đối với đơn vị thu nhập doanh nghiệp sự nghiệp công lập tự chịu một phần kinh phí hoạt động thường xuyên

Tôi ở Sở Công Thương Phú Yên, có đơn vị trực thuộc là Trung tâm tư vấn Công nghiệp và tiết kiệm năng lượng là đơn vị dịch vụ tư vấn.

Trước đây Trung tâm là đơn vị sự nghiệp tự thu tự chi (tự đảm bảo toàn bộ kinh phí) nên thực hiện hạch toán thuế theo quy định đối với doanh nghiệp (thuế VAT, thuế Thu nhập doanh nghiệp).

Nay Trung tâm được UBND tỉnh Phú Yên quyết định chuyển sang đơn vị sự nghiệp được nhà nước cấp một phần kinh phí hoạt động thường xuyên. Khi chuyển sang đơn vị sự nghiệp đảm bảo một phần kinh phí thì theo quy định, các khoản thu dịch vụ sau khi trừ các khoản chi phí sẽ phải trích 40% kinh phí còn lại để cải cách tiền lương, phần còn lại được sử dụng chi trích lập các quỹ và chi trả thu nhập tăng thêm cho người lao động.

Như vậy, ngoài khoản thuế VAT phải nộp theo quy định, lúc này đơn vị còn phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp nữa hay không. Nếu nộp thuế thu nhập doanh nghiệp thì tính như thế nào, trước khi trích 40% kinh phí cải cách tiền lương hay sau khi trích.