Xét trên phạm vi rộng hơn, Nghị định 43 đã góp phần thực hiện công cuộc đổi mới khu vực sự nghiệp công lập và thực hiện nội dung cải cách tài chính công thuộc Chương trình tổng thể cải cách hành chính nhà nước giai đoạn 2011-2020 theo Nghị quyết 30c/NQ-CP ngày 8/11/2011 của Chính phủ.
Tuy nhiên, trong quá trình triển khai thực hiện, Nghị định 43 đã bộc lộ những hạn chế, bất cập cần được sửa đổi: các đơn vị sự nghiệp chưa được giao quyền tự chủ một cách đầy đủ; chưa thực sự khuyến khích các đơn vị có điều kiện vươn lên tự chủ ở mức cao hơn… Bên cạnh đó, trong quá trình hoạt động, nhiều đơn vị phát sinh các hoạt động liên doanh, liên kết, mở rộng cung ứng dịch vụ công chưa được điều chỉnh trong các văn bản pháp luật. Do đó, việc ban hành Nghị định 16/2015/NĐ-CP ngày 14/02/2015 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập (gọi tắt là Nghị định 16) đã kịp thời đáp ứng yêu cầu đổi mới, phát triển của hoạt động sự nghiệp công trong nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa.
Nghị định 16 điều chỉnh cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập theo hướng tăng cường trao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm, khuyến khích các đơn vị có điều kiện vươn lên tự chủ ở mức cao. Nghị định 16 có một số điểm mới nổi bật so với Nghị định 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ như sau:
Thứ nhất, việc phân loại đơn vị sự nghiệp công lập được dựa trên mức độ tự chủ về tài chính của các đơn vị cả về chi thường xuyên và chi đầu tư. Theo đó, căn cứ vào mức độ tự đảm bảo kinh phí chi đầu tư và chi thường xuyên, đơn vị sự nghiệp công lập được phân chia thành 4 loại: (i) đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư, (ii) đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên, (iii) đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm một phần chi thường xuyên, (iv) đơn vị sự nghiệp công do Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên.
Thứ hai, Việc tự chủ của các đơn vị trong thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy nhân sự và tài chính được quy định tương ứng với từng loại hình đơn vị sự nghiệp công lập, trên nguyên tắc các đơn vị tự đảm bảo kinh phí hoạt động càng nhiều thì mức độ tự chủ càng cao để khuyến khích các đơn vị tăng thu, giảm dần bao cấp từ ngân sách nhà nước, trong đó có bao cấp tiền lương tăng thêm để dần chuyển sang các loại hình đơn vị tự đảm bảo chi thường xuyên, đơn vị tự đảm bảo chi thường xuyên và chi đầu tư.
Cụ thể: các đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư được giao quyền tự chủ khá rộng như được quyết định số lượng người làm việc, được vay vốn tín dụng ưu đãi của nhà nước hoặc được hỗ trợ lãi suất cho các dự án đầu tư sử dụng vốn vay của các tổ chức tín dụng theo quy định, được tự quyết định mức trích quỹ bổ sung thu nhập mà không bị không chế mức trích Quỹ bổ sung thu nhập như các loại hình đơn vị sự nghiệp khác (đơn vị tự đảm bảo chi thường xuyên bị khống chế không quá 3 lần quỹ tiền lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp lương do nhà nước quy định; đơn vị tự đảm bảo một phần chi thường xuyên bị khống chế không quá 2 lần, đơn vị do nhà nước bảo đảm chi thường xuyên bị khống chế không quá 1 lần).
Thứ ba, giá dịch vụ sự nghiệp công được quy định tại Mục 2, Chương II của Nghị định, bao gồm các quy định về giá, phí dịch vụ sự nghiệp công, cách xác định giá dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước và giá dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước. Theo đó, đối với dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước được xác định theo cơ chế thị trường; đối với dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước được xác định trên cơ sở định mức kinh tế - kỹ thuật, định mức chi phí theo quy định và lộ trình tính giá theo quy định tại Nghị định 16/2015/NĐ-CP. Đồng thời, quy định cụ thể lộ trình tính giá dịch vụ sự nghiệp công đối với dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước. Quy định này nhằm tạo điều kiện để từng bước tính đủ giá dịch vụ sự nghiệp công vào chi phí.
Thứ tư, về quy định chuyển tiếp, Nghị định quy định trong khi chưa ban hành hoặc sửa đổi Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công trong từng lĩnh vực, các đơn vị sự nghiệp công theo từng lĩnh vực được tiếp tục thực hiện cơ chế tự chủ theo quy định tại Nghị định số 43/2006/NĐ-CP và các Nghị định hiện hành về tự chủ trong các lĩnh vực.
