Về việc lập hóa đơn thì sẽ thực hiện theo Thông tư 39/2014/TT-BTC, và ở đây cần làm rõ với anh là: việc lập hóa đơn và việc làm hợp đồng về lý thuyết là không có liên quan trực tiếp với nhau, với các hóa đơn thông thường thì chỉ kiểm tra các thông tin trực tiếp trên đó (người bán, người mua, hàng hóa, đơn giá ...) chứ không có yêu cầu cung cấp hợp đồng để đối chiếu.
Còn ở đây, như anh nêu là B cung cấp dịch vụ cho C, và C thanh toán lại cho B (?) vậy thì lập hóa đơn cho C là bình thường.
Còn nếu như A thanh toán toàn bộ hợp đồng này cho B, kể cả phần C sử dụng, vậy thì vấn đề vướng mắc có thể xảy ra là việc sau: trong hồ sơ thanh toán, công ty A thanh toán một số tiền M1, nhưng hóa đơn cho A chỉ có giá trị M2 (nhỏ hơn M1), điều này có thể dẫn đến nghi ngờ là B bán hàng không lập hóa đơn hoặc lập hóa đơn với giá trị thấp hơn thực tế.
Khi này thì sẽ cần có tài liệu chứng minh là A thanh toán thay cho bên C - là hợp đồng mà anh nêu. Tuy nhiên, trong trường hợp này thì trong hợp đồng nên làm rõ về vấn đề thanh toán, xuất hóa đơn: làm rõ là bên A chỉ sử dụng 1 phần, bên C sử dụng 1 phần; phần hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho bên nào thì lập hóa đơn cho bên đó; bên A có nghĩa vụ thanh toán toàn bộ. Như thế thì dễ giải thích cho cơ quan thuế (nếu họ có yêu cầu giải trình) hơn.
