Lập hóa đơn GTGT bán xăng dầu tại công văn3214/TCT-KK

Xin chào các Luật sư.
Theo hướng dẫn tại công văn số 3214/TCT-KK ngày 08/9/2011 thì các tổ chức, cá nhân không thuộc đối tượng nộp phí xăng dầu thì việc ghi hóa đơn như đối với hàng hóa khác (có nghĩa là khi lập hóa đơn không tách riêng dòng phí xăng dầu) . Giá tính thuế được xác định theo đúng quy định tại điều 7 Luật thuế GTGT.
Như vậy thì: - Có phải là thuế GTGT tính trên phí không?

- Tại thông tư 129/2008/TT-BTC quy định "Giá tính thuế đối với các loại hàng hóa, dịch vụ bao gồm cả khoản phụ thu và phí thu thêm ngoài giá hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh được hưởng, trừ các khoản phụ thu và phí cơ sở kinh doanh phải nộp NSNN. Trường hợp cơ sở kinh doanh áp dụng hình thức giảm giá bán, chiết khấu thương mại dành cho khách hàng (nếu có) thì giá tính thuế GTGT là giá bán đã giảm, đã chiết khấu thương mại dành cho khách hàng.) vậy thì có trái với Luật thuế GTGT không?
- Giá bán xăng dầu theo quy định thì như nhau nhưng đối với các cơ sở kinh doanh (DN) không thuộc đối tượng nộp phí xăng dầu thì kinh doanh kém hiệu quả hơn (không muốn nói là lỗ) vì phải nộp phần thuế GTGT trên khoản phí xăng dầu đó.
Rất mong được các Luật sư tư vấn, xin trân trọng cảm ơn