Bạn thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư 39/2014/TT-BTC
Điều 24. Xử lý trong trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn
1. Tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh nếu phát hiện mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập hoặc chưa lập phải lập báo cáo về việc mất, cháy, hỏng và thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp (mẫu số 3.8 Phụ lục 3 ban hành kèm theo Thông tư này) chậm nhất không quá năm (05) ngày kể từ ngày xảy ra việc mất, cháy, hỏng hóa đơn. Trường hợp ngày cuối cùng (ngày thứ 05) trùng với ngày nghỉ theo quy định của pháp luật thì ngày cuối cùng của thời hạn được tính là ngày tiếp theo của ngày nghỉ đó.
2. Trường hợp khi bán hàng hóa, dịch vụ người bán đã lập hóa đơn theo đúng quy định nhưng sau đó người bán hoặc người mua làm mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn bản gốc đã lập thì người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, trong biên bản ghi rõ liên 1 của hóa đơn người bán hàng khai, nộp thuế trong tháng nào, ký và ghi rõ họ tên của người đại diện theo pháp luật (hoặc người được ủy quyền), đóng dấu (nếu có) trên biên bản và người bán sao chụp liên 1 của hóa đơn, ký xác nhận của người đại diện theo pháp luật và đóng dấu trên bản sao hóa đơn để giao cho người mua. Người mua được sử dụng hóa đơn bản sao có ký xác nhận, đóng dấu (nếu có) của người bán kèm theo biên bản về việc mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế. Người bán và người mua phải chịu trách nhiệm về tính chính xác của việc mất, cháy, hỏng hóa đơn.
Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn liên 2 đã sử dụng có liên quan đến bên thứ ba (ví dụ: bên thứ ba là bên vận chuyển hàng hoặc bên chuyển hóa đơn) thì căn cứ vào việc bên thứ ba do người bán hoặc người mua thuê để xác định trách nhiệm và xử phạt người bán hoặc người mua theo quy định.
Trường hợp này nếu phát hiện được là lỗi của bên bưu điện thì áp dụng mức xử phạt theo Nghị định 109/2013/NĐ-CP, Thông tư 10/2014/TT-BTC
4. Phạt tiền 10.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với một trong các hành vi:
a) Làm mất, cháy, hỏng hóa đơn đã phát hành nhưng chưa lập hoặc hóa đơn đã lập (liên giao cho khách hàng) nhưng khách hàng chưa nhận được hóa đơn khi hóa đơn chưa đến thời gian lưu trữ, trừ trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn do thiên tai, hỏa hoạn. Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn, trừ liên giao cho khách hàng, trong thời gian lưu trữ thì xử phạt theo pháp luật về kế toán.
Trường hợp người bán tìm lại được hóa đơn đã mất (liên giao cho khách hàng) khi cơ quan thuế chưa ban hành quyết định xử phạt thì người bán không bị phạt tiền.
Trường hợp người bán làm mất, cháy, hỏng các liên hóa đơn đã lập sai và đã xoá bỏ (người bán đã lập hóa đơn khác thay thế cho các hóa đơn đã lập sai và đã xoá bỏ) thì người bán bị phạt cảnh cáo.
Trường hợp trong cùng một thời điểm, tổ chức, cá nhân thông báo mất nhiều số hóa đơn cho cơ quan thuế nhưng cơ quan thuế đủ căn cứ xác định tổ chức, cá nhân gộp nhiều lần mất hóa đơn để báo cáo cơ quan thuế thì xử phạt theo từng lần mất hóa đơn.
Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập (liên giao cho khách hàng) có liên quan đến bên thứ ba, bên thứ ba do người bán thuê thì xử phạt người bán theo quy định tại điểm này.
