Căn cứ khoản 6 điều 1 Luật số 31/2013/QH13 có quy định:
"6. Điều 12 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 12. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:
a) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất;
b) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu hàng hoá, dịch vụ bán ra;
c) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ bán cho tổ chức, cá nhân sử dụng nguồn vốn viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại được khấu trừ toàn bộ;
d) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu, khí được khấu trừ toàn bộ;
đ) Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
2. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:
a) Có hoá đơn giá trị gia tăng mua hàng hoá, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu;
b) Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ hàng hoá, dịch vụ mua từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng;
c) Đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản này còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hoá, cung ứng dịch vụ; hoá đơn bán hàng hoá, dịch vụ; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu.
Việc thanh toán tiền hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu dưới hình thức thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu với hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu, trả nợ thay Nhà nước được coi là thanh toán không dùng tiền mặt.”
===> Điểm khác biệt giữa (a) và (b) là phần bôi đỏ "bổ sung tối đa là 6 tháng" , đây cũng là căn cứ để đưa ra nhận định việc bãi bỏ thời gian khống chế kê khai hóa đơn được áp dụng từ năm 2014.
Việt kê khai bổ sung theo thường lệ sẽ được áp dụng trước khi cơ quan thuế ra quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.
