Kê khai thuế đầu ra nhưng k xuất hóa đơn

Công ty em làm bên XD, có 2 công trình đã làm xong rồi nhưng mới chỉ có biên bản nghiệm thu công việc chứ chưa làm hồ sơ thanh quyết toán hợp đồng. Chị kế toán bên em kê khai thuế đầu ra của cả 2 công trình ấy rồi nhưng k hề xuất hóa đơn, cái cột số hóa đơn với seri hóa đơn chị ấy bỏ trống, mà cái đó lên báo cáo tài chính xong hết rồi, đến giờ vẫn chưa xuất hóa đơn. Em hỏi các anh chị kế toán khác thì nói như thế là làm sai và bị nộp phạt nhiều. Ngoài ra, một lần do nhầm lẫn, chị kế toán đi nộp số tiền thuế đáng lẽ được khấu trừ, sau đó phát hiện ra thì chị lại k làm tờ khai điều chỉnh và kê luôn vào bảng kê hàng hóa mua vào rồi cho số tiền ấy vào để đấy số thuế khấu trừ của tháng đó tăng lên. Như thế là sai, phải k ạ? Em cũng chưa biết giải quyết việc này như thế nào. Xin anh (chị) tư vấn giúp em hiểu vấn đề đó em đã sai phạm và sẽ phải xử lý như thế nào. Em cảm ơn!