Hủy hóa đơn VAT như thế nào?

Anh chị cho em hỏi:

Cty em có 1 hợp đồng trị giá hơn 1.6 tỷ (đã hoàn thành nghiệm thu rồi).

Trong hợp đồng ghi phương thức thanh toán là trả 4 lần (30%, 40%, 25%, 5% còn lại để bảo hành công trình).

Nhưng hồi tháng 2 xếp bảo em xuất hóa đơn 1 tỷ cho công trình (em đã xuất và để là xuất lần 1 theo hợp đồng).

Đến tháng 4, khi anh kê toán thuế xuống kiểm tra thì thấy phần thuế VAT đầu ra quá nhiều so với đầu vào và báo với xếp là phải đóng thuế gần 100tr, xếp không đồng ý và bên em đã liên hệ thu hồi lại tờ hóa đơn 1 tỷ (bên cty kia đồng ý và vẫn chưa khai thuế. Chị kế toán bên cty kia nói coi như bên chị chưa nhận được tờ hóa đơn này, bên em cứ tự xử lý).

Bây giờ em phải làm gì ạ? (đây là lần đầu tiên em nhận khai thuế)

Anh kế toán thuế cũ bảo em làm biên bản hủy tờ hóa đơn đó rồi xuất lại tờ mới với giá trị toàn bộ hợp đồng (trên 1.6 tỷ) có được không ạ? (làm như vậy có được không ạ? tờ hóa đơn 1 tỷ em xuất nội dung đâu có sai chỗ nào đâu, giờ kêu em hủy vậy em phải ghi lý do hủy là gì bây giờ ạ?

Vậy bạn ơi cho mình hỏi. bên mình kê khai thuế theo quý. hồi quý 1 đã xuất hóa đơn 80.560.000 đ, mình đã kê khai thuế , BC Tình hình sử dụng hóa đơn xong cả rồi. vậy mà hôm 8/06 vừa rồi bên mua hàng gửi trả lại hóa đơn kèm theo BB hủy hóa đơn. với lý do là sai nội dung( không xuất lại hóa đơn khác nữa ). vậy mình phải xử lý ntn?Vì trong hóa đơn đó có ghi rõ chi tiết tên công trình rồi. thủ tục kê khai bổ sung , điều chỉnh ntn ? Mình đọc thông tư 156 và 39 thì  người ta chỉ nói cho trường hợp hủy hóa đơn rồi xuất hóa đơn thay thế thôi. Giups mình với