Hỏi về đầu tư theo Hợp đồng hợp tác kinh doanh. Kính gửi: Luật sư

Công ty chúng tôi là công ty TNHH có 02 thành viên trở lên. Chúng tôi đã ký hợp đồng hợp tác kinh doanh với 01 hợp tác xã dịch vụ có dự án xây dựng trong khu công nghiệp của một quận trong thành phố. Dự án đã được các cấp có thẩm quyền phê duyệt, đã có giấy phép xây dựng. Tổng dự toán của Dự án là 119 tỷ VND. Trong hợp đồng chúng tôi thoả thuận rằng phía HTX có đất còn công ty chúng tôi đầu tư 100% giá trị xây dựng công trình, lợi nhuận chia theo cách bên HTX được 40% còn công ty chúng tôi được 60% trên tổng diện tích xây dựng công trình hoàn thành. Hiện tại chúng tôi mới chỉ có hợp đồng hợp tác kinh doanh này được ký giữa 02 bên.
Tôi xin được hỏi:
Để Công ty chúng tôi đưa tài sản đã đầu tư theo hợp đồng này vào tài sản của công ty và được khấu hao giá trị đầu tư theo quy định của Luật thì chúng tôi cần phải làm những thủ tục nào? với cơ quan nào? 
Xin luật sư tư vấn giúp. Trân trọng cảm ơn !