Hỏi hóa đơn xây dựng

Năm 2006 tôi có nhận công trình xây dựng thầu nhân công cho công trình nhà máy chế biến thủy sản xuất khẩu (bên A). Sau khi hoàn thành công trình bên công ty tôi sẽ xuất hóa đơn GTGT cho công ty bên A là 5% tổng giá trị khối lượng công trình. Sau khi hoàn thành hoàn tất công trình năm 2008 tôi về Cục thuế tại nơi đăng ký công ty tôi thì tôi được biết do còn nợ thuế năm cũ nên Cục thuế thu hồi hóa đơn công ty tôi khi nào nộp trả xong sẽ xuất hóa đơn cho công ty tôi. Lúc đó do không có khả năng nộp trả thuế cũ nên tôi nhờ công ty bạn xuất hóa đơn cho bên A. Hiện công ty A đã nhận được tiền hoàn thuế nhưng đến ngày hôm nay trong khi hoàn tất thụ tục thì Cục thuế phát hiện công ty bạn tôi không đủ pháp nhân để xuất hóa đơn cho công ty A do công ty bạn tôi thành lập vào năm 2007 nên Cục thuế ra quyết định thu hồi tiền hoàn thuế của công ty A và xử phạt hành chính cộng thêm tiền thuế TNDN là 28% trên hóa đơn trước thuế mà công ty bạn tôi đã xuất cho công ty A.Vậy cho tôi hỏi xử phạt công ty A như thế có đúng không và vế phía tôi thì có chịu trách nhiệm về pháp luật hay không? Xin nhờ luật sư tư vấn giúp đỡ.Chân thành cám ơn.