Mình chưa hiểu rõ ý bạn lắm, bên bạn xét ra sẽ thuộc trường hợp nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp đúng không? Nếu vậy thì theo quy định tại Thông tư 219/2013/TT-BTC có hướng dẫn cách tính như sau:
c) Doanh thu để tính thuế GTGT là tổng số tiền bán hàng hóa, dịch vụ thực tế ghi trên hóa đơn bán hàng đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT bao gồm các khoản phụ thu, phí thu thêm mà cơ sở kinh doanh được hưởng.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có doanh thu bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và doanh thu hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thì không áp dụng tỷ lệ (%) trên doanh thu đối với doanh thu này.
Ví dụ 57: Công ty TNHH A là doanh nghiệp kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp. Công ty TNHH A có doanh thu phát sinh từ hoạt động bán phần mềm máy tính và dịch vụ tư vấn thành lập doanh nghiệp thì Công ty TNHH A không phải nộp thuế GTGT theo tỷ lệ (%) trên doanh thu từ hoạt động bán phần mềm máy tính (do phần mềm máy tính thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT) và phải kê khai, nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 5% trên doanh thu từ dịch vụ tư vấn thành lập doanh nghiệp.
Cơ sở kinh doanh nhiều ngành nghề có mức tỷ lệ khác nhau phải khai thuế GTGT theo từng nhóm ngành nghề tương ứng với các mức tỷ lệ theo quy định; trường hợp người nộp thuế không xác định được doanh thu theo từng nhóm ngành nghề hoặc trong một hợp đồng kinh doanh trọn gói bao gồm các hoạt động tại nhiều nhóm tỷ lệ khác nhau mà không tách được thì sẽ áp dụng mức tỷ lệ cao nhất của nhóm ngành nghề mà cơ sở sản xuất, kinh doanh.
Còn khấu trừ thuế thì thực hiện theo Điều 14 và Điều 15, nên có những trường hợp bắt buộc DN phải lấy hóa đơn GTGT
Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này.