Thông tư 68/2019/TT-BTC hướng dẫn về vấn đề này như sau:
"Điều 17. Xử lý đối với hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế đã lập
1. Trường hợp hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế đã gửi cho người mua có phát hiện sai sót thì xử lý như sau:
...
b) Trường hợp có sai về mã số thuế, về số tiền ghi trên hóa đơn, sai về thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa không đúng quy cách, chất lượng thì người bán và người mua lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót, người bán lập hóa đơn điện tử mới thay thế cho hóa đơn điện tử đã lập có sai sót. Hóa đơn điện tử mới thay thế hóa đơn điện tử đã lập có sai sót phải có dòng chữ “Thay thế cho hóa đơn ký hiệu mẫu số, ký hiệu hóa đơn…số hóa đơn..., ngày... tháng... năm”. Người bán ký số, ký điện tử trên hóa đơn điện tử mới thay thế hóa đơn điện tử đã lập có sai sót sau đó người bán gửi cho người mua. Trường hợp dữ liệu hóa đơn điện tử có sai sót đã gửi cơ quan thuế thì người bán thực hiện thông báo với cơ quan thuế theo Mẫu số 04 (Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 119/2018/NĐ-CP) và gửi dữ liệu hóa đơn điện tử mới theo phương thức và thời gian nêu tại Điều 16 Thông tư này.
..."
"Điều 11. Xử lý hóa đơn điện tử có sai sót sau khi cấp mã
...
2. Trường hợp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế đã gửi cho người mua phát hiện có sai sót thì xử lý như sau:
...
b) Trường hợp có sai về mã số thuế, về số tiền ghi trên hóa đơn, sai về thuế suất, tiền thuế, hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng thì người bán và người mua lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót và người bán thực hiện thông báo với cơ quan thuế theo Mẫu số 04 Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 119/2018/NĐ-CP về việc hủy hóa đơn điện tử và lập hóa đơn hóa đơn điện tử mới thay thế cho hóa đơn điện tử đã được cấp mã có sai sót. Sau khi nhận được thông báo, cơ quan thuế thực hiện hủy hóa đơn điện tử đã được cấp mã có sai sót lưu trên hệ thống của cơ quan thuế. Hóa đơn điện tử mới thay thế hóa đơn điện tử đã được cấp mã có sai sót phải có dòng chữ “Thay thế cho hóa đơn ký hiệu mẫu số, ký hiệu hóa đơn…số hóa đơn..., ngày... tháng... năm”. Người bán ký số, ký điện tử trên hóa đơn điện tử mới thay thế hóa đơn điện tử đã lập có sai sót sau đó người bán gửi cơ quan thuế để cơ quan thuế cấp mã cho hóa đơn điện tử mới."
Theo đó, đối với trường hợp Hóa đơn điện tử bị thiếu mã số thuế đã lập hóa đơn điều chỉnh vẫn cần phải lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót giữa người bán và người mua.
