"Điều 11. Khai thuế giá trị gia tăng
1. Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế
a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
b) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị trực thuộc.
Nếu đơn vị trực thuộc có con dấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, kê khai đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng phải đăng ký nộp thuế riêng và sử dụng hóa đơn riêng.
Căn cứ tình hình thực tế trên địa bàn quản lý, giao Cục trưởng Cục Thuế địa phương quyết định về nơi kê khai thuế đối với trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh dịch vụ ăn uống, nhà hàng, khách sạn, massage, karaoke.
c) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế..."
Theo như thông tin mà bạn cung cấp, khi công ty bạn quyết định tách chi nhánh ở TP Hồ Chí Minh thành 3 chi nhánh, do đó mối quan hệ giữa 3 chi nhành này là bình đẳng và ngang bằng nhau. Công ty bạn có trụ sở tại Thành Phố Hà Nội, 3 chi nhánh hạch toán phụ thuộc tại thành phố Hồ Chí Minh có văn phòng giao dịch, mã số thuế và con dấu riêng, phát sinh doanh thu thì chi nhánh này có nghĩa vụ nộp thuế với cơ quan thuế nơi có cơ quan trực thuộc. Như vậy, sau ngày 14/03, tất cả các hóa đơn đầu vào của từng chi nhánh phải bắt buộc xuất về đúng chi nhánh đó. Chi phí của chi nhánh 2 và chi nhánh 3 không thể xuất hóa đơn về chi nhánh 1.
Trước ngày 14/03 tức ngày có quyết định tách chi nhánh ở thành phố Hồ Chí Minh thành 3 chi nhánh thì PGD số 2 là đơn vi trực thuộc chi nhánh này, do đó, các hóa đơn phải được đứng tên chi nhánh số 1 (tức chi nhánh đầu tiên ở thành phố Hồ Chí Minh trước khi tách làm 3 chi nhánh).
