"Điều 16. Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (trừ các trường hợp hướng dẫn Điều 17 Thông tư này) để được khấu trừ thuế, hoàn thuế GTGT đầu vào phải có đủ điều kiện và các thủ tục nêu tại khoản 2 Điều 9 và khoản 1 Điều 15 Thông tư này, cụ thể như sau:
...
2. Tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Đối với cơ sở kinh doanh xuất khẩu sản phẩm phần mềm dưới các hình thức tài liệu, hồ sơ, cơ sở dữ liệu đóng gói cứng để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải đảm bảo thủ tục về tờ khai hải quan như đối với hàng hóa thông thường.
Riêng các trường hợp sau không cần tờ khai hải quan:
- Đối với cơ sở kinh doanh xuất khẩu dịch vụ, phần mềm qua phương tiện điện tử thì không cần có tờ khai hải quan. Cơ sở kinh doanh phải thực hiện đầy đủ các quy định về thủ tục xác nhận bên mua đã nhận được dịch vụ, phần mềm xuất khẩu qua phương tiện điện tử theo đúng quy định của pháp luật về thương mại điện tử."
"Căn cứ các quy định trên, trường hợp Công ty đang sử dụng hóa đơn GTGT, Công ty phát sinh hoạt động xuất khẩu dịch vụ phần mềm cho tổ chức nước ngoài thì Công ty không cần phải lập hóa đơn GTGT cho hoạt động này. Công ty lập hóa đơn thương mại theo hướng dẫn tại Khoản 7 Điều 3 Thông tư số 119/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính nêu trên."
Theo quy định trên, những trường hợp xuất khấu không cần tờ khai hải quan là: Dịch vụ xuất khẩu. Xuất khẩu phần mềm qua phương tiện điện tử (tải trực tiếp trên mạng). Trường hợp này bên mua phải xác nhận đã nhận được dịch vụ, phần mềm xuất khẩu qua phương tiện điện tử theo đúng quy định của pháp luật về thương mại điện tử. Đồng thời khi xuất khẩu phần mềm doanh nghiệp cần lập hóa đơn thương mại theo quy định mà không phải là hóa đơn GTGT như thông thường.
