Điều chuyển tài sản từ công ty này sang công ty khác

Về việc chia (hoặc tách) công ty thì về mặt thủ tục đã có quy định ở Nghị định 78/2015/NĐ-CP (Điều 24), sau khi làm thủ tục theo điều khoản này thì việc chia tách công ty đã hoàn thành (và như thông tin anh cung cấp thì việc này đã hoàn thành).

Còn việc điều chuyển tài sản từ công ty này qua công ty khác - khi chia tách tài sản - thì đây chỉ là vấn đề làm hồ sơ thủ tục trong nội bộ các DN, cụ thể là làm lệnh điều động tài sản từ công ty ban đầu sang công ty B, kèm theo đó là bàn giao hồ sơ gốc của tài sản để làm cơ sở cho công ty B xác định nguyên giá, khấu hao.
Theo quy định tại Điều 5 Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP, theo đó:

"Điều 5. Các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT
 

...7. Các trường hợp khác:
 Cơ sở kinh doanh không phải kê khai, nộp thuế trong các trường hợp sau:
b) Điều chuyển tài sản giữa các đơn vị hạch toán phụ thuộc trong doanh nghiệp; điều chuyển tài sản khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp. Tài sản điều chuyển giữa các đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc trong cơ sở kinh doanh; tài sản điều chuyển khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp thì cơ sở kinh doanh có tài sản điều chuyển phải có lệnh điều chuyển tài sản, kèm theo bộ hồ sơ nguồn gốc tài sản và không phải xuất hóa đơn.
Trường hợp tài sản điều chuyển giữa các đơn vị hạch toán độc lập hoặc giữa các đơn vị thành viên có tư cách pháp nhân đầy đủ trong cùng một cơ sở kinh doanh thì cơ sở kinh doanh có tài sản điều chuyển phải xuất hóa đơn GTGT và kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định, trừ trường hợp hướng dẫn tại khoản 6 Điều này."

Căn cứ vào hồ sơ gốc của hàng hóa (cũng như những hồ sơ kế toán, thỏa thuận, tài liệu về việc chia tách công ty) thì công ty B đã có thể xác định nguyên giá của TSCĐ và quản lý, trích khấu hao theo quy định của Thông tư 45/2013/TT-BTC.