Có được truy đóng BHXH

 Kính đề nghị  tư vấn giúp tôi vấn đề như sau:
    Năm 1989, em tôi xin vào làm công nhân tại Trung tâm nghiên cứu đất, phân bón và môi trường Tây Nguyên (đây là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Viện Nông hoá Thổ nhưỡng Việt Nam) và đã được Trung tâm ký quyết định tiếp nhận vào làm công nhân chăm sóc vườn cây cà phê. Hàng tháng được nhận tiền lương theo định mức công khoán, các khoản phúc lợi khác được hưởng như những người trong biên chế. Tuy nhiên đến cuối 2007, em tôi mới biết được Trung tâm mới đóng BHXH cho em tôi từ 1999 trở về sau. từ năm 1998 trở về trước Trung tâm không đóng BHXH, trong 2 năm 1997,1998 có thu 5% BHXH của em tôi nhưng không đóng lên BHXH tỉnh.
Qua tìm hiểu tôi được biết: Biên chế của Trung Tâm thuộc quản lý của đơn vị cấp trên, Trung tâm không có thẩm quyền tiếp nhận lao động ngoài biên chế, tiền lương trả cho em tôi không nằm trong quỹ lương của đợn vị.
Vậy em tôi có được truy đóng BHXH từ năm 1998 trở về trước hay không? nếu không được truy đóng thì em tôi là người chịu thiệt thòi bởi nguyên nhân không phải do lỗi của nó và Trung tâm phải chịu trách nhiệm gì không?