chuyển quyền sử dụng đất

Chào luật sư!

Tôi có câu hỏi muốn nhờ luật sư tư vấn giúp:

Năm 2012, chi nhánh công ty giải thể để thành lập một công ty mới độc lập. (Cả chi nhánh và công ty đều do 1 thành viên làm chủ sở hữu). Tại thơi điểm đó, cơ quan thuế có hướng dẫn cho kế toán xuất hóa đơn bán toàn bộ tài sản và quyền sử dụng đất cho chủ sở hữu với hình thức là Rút vốn. Trong đó, hóa đơn rút vốn quyền sử dụng đất hơn 3 tỷ đồng không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT. Năm 2014, cơ quan thuế xuống thanh tra để làm thủ tục đóng cửa chi nhánh thì có yêu cầu công ty cung cấp tài liệu chứng minh khoản rút vốn quyền sử dụng đất này không thuộc đối tượng chịu thuế?

Bên tôi có hỏi cơ quan thuế nhưng không được giải thích rõ

Vì vậy: muốn nhờ luật sư tư vấn giùm là nếu phải chứng minh thì phải làm những gì ? cần thủ tục như thế nào

Tôi xin chân thành cảm ơn !