Về vấn đề của bạn, sau khi tham khảo quy định tại Khoản 2 Điều 42 Nghị định 126/2017/NĐ-CP thì mình hiểu rằng cổ phần mà người lao động mua là cổ phần có giá ưu đãi, tức là giá mua sẽ thấp hơn giá trị thực tế. Ở đây bạn cần lưu ý là số tiền mà người lao động bỏ ra để mua số cổ phần này sẽ thấp hơn giá trị thực sự của cổ phần đó. Do đó, khi hết 3 năm, cổ phần này chuyển thành cổ phần phổ thông không làm giá trị của cổ phần tăng lên. Công ty không cần phải làm thủ tục tăng vốn điều lệ.
Đối với nội dung tại Khoản 2 Điều 147 Luật Doanh nghiệp 2020 mà bạn đề cập thì Điều này nêu về việc điều kiện thông qua Nghị quyết và Nghị quyết đó được thực hiện bởi quyền của Đại hội đồng cổ đông theo Điều 138:
Điều 138. Quyền và nghĩa vụ của Đại hội đồng cổ đông
...
2. Đại hội đồng cổ đông có quyền và nghĩa vụ sau đây:
...
b) Quyết định loại cổ phần và tổng số cổ phần của từng loại được quyền chào bán; quyết định mức cổ tức hằng năm của từng loại cổ phần;
Quy định trên có nghĩa là chỉ khi Quyết định loại cổ phần và tổng số cổ phần của từng loại mà công ty được quyền chào bán thì Đại hội đồng cổ đông mới đưa ra họp và cách thức thông qua nghị quyết thực hiện theo Điều 147. Còn trường hợp của bạn là chuyển đổi từ cổ phần ưu đãi thành cổ phần phổ thông thì không liên quan vấn đề chào bán cổ phần nên không cần Đại hội đồng cổ đông thông qua. Do đó, hết thời hạn 3 năm, số cổ phần ưu đãi này sẽ tự động chuyển thành cổ phần phổ thông mà không phụ thuộc vào ý chí quyết định của bên nào cả.