Việc thanh toán, quyết toán hợp đồng xây dựng được thực hiện theo nội dung hợp đồng đã ký kết giữa các bên, phù hợp với hồ sơ mời thầu, hồ sơ dự thầu và quy định của pháp luật áp dụng cho hợp đồng đó.
Tại khoản 3 Điều 9 Thông tư số 09/2016/TT-BXD hướng dẫn hợp đồng thi công xây dựng công trình đã quy định: “Chủ đầu tư thanh toán trực tiếp cho nhà thầu phụ trên cơ sở đề xuất thanh toán của nhà thầu chính hoặc tổng thầu, trừ trường hợp các bên có thỏa thuận khác”.
Tại khoản 2 Điều 22 Nghị định số 37/2015/NĐ-CP quy định chi tiết về hợp đồng xây dựng đã quy định: “Hồ sơ quyết toán hợp đồng do bên nhận thầu lập phù hợp với từng loại hợp đồng và giá hợp đồng”.
Tại điểm b khoản 3 Điều 3 Nghị định số 37/2015/NĐ-CP đã quy định: “Hợp đồng thầu phụ là hợp đồng xây dựng được ký kết giữa nhà thầu chính hoặc tổng thầu với nhà thầu phụ”.
Như vậy, việc lập hồ sơ hoàn công, thanh toán, quyết toán hợp đồng thầu chính là trách nhiệm của thầu chính với chủ đầu tư. Việc lập hồ sơ thanh toán, quyết toán hợp đồng thầu phụ là công việc giữa thầu chính và thầu phụ.
Hồ sơ thanh toán, quyết toán hợp đồng do bên nhận thầu lập phù hợp với từng loại hợp đồng và giá hợp đồng.
Trường hợp chủ đầu tư thanh toán trực tiếp cho thầu phụ thì hồ sơ thanh toán của thầu phụ phải có sự xác nhận của thầu chính và thầu chính đề xuất thanh toán với chủ đầu tư
