Khác biệt với sáp nhập doanh nghiệp là chấm dứt sự tồn tại của công ty bị sáp nhập và vẫn giữ nguyên sự tồn tại của công ty nhận sáp nhập, hợp nhất doanh nghiệp chấm dứt sự tồn tại của tất cả công ty sáp nhập. Để đảm bảo sự thống nhất trong các bước để hoàn thành thủ tục hợp nhất doanh nghiệp, Luật doanh nghiệp 2014 cũng đã quy định cụ thể về vấn đề này, ta có thể chia làm 3 bước chính:
Bước 1: Chuẩn bị hợp đồng hợp nhất
Các công ty hợp nhất để thành lập nên một công ty mới phải chuẩn bị hợp đồng hợp nhất. Cụ thể hợp đồng hợp nhất bao gồm đầy đủ các thông tin quan trọng về tên, địa chỉ trụ sở chính của các công ty bị hợp nhất; tên, địa chỉ trụ sở chính của công ty hợp nhất; thủ tục và điều kiện hợp nhất; phương án sử dụng lao động; thời hạn, thủ tục và điều kiện chuyển đổi tài sản, chuyển đổi phần vốn góp, cổ phần, trái phiếu của công ty bị hợp nhất thành phần vốn góp, cổ phần, trái phiếu của công ty hợp nhất; thời hạn thực hiện hợp nhất; dự thảo Điều lệ công ty hợp nhất.
Hợp đồng hợp nhất cũng là cơ sở khách quan để ghi nhận việc hợp nhất các công ty, những quyền lợi và nghĩa vụ của công ty mới. Từ đó, các bên sau khi hợp nhất có thể dựa trên hợp đồng mà thực hiện xây dựng Điều lệ công ty, tiến hành các hoạt động kinh doanh của công ty mới được thành lập.
Bước 2: Thông báo hợp đồng hợp nhất
Cũng giống như đã trình bày ở thủ tục sáp nhập doanh nghiệp, hợp đồng hợp nhất được ký kết giữa các doanh nghiệp hợp nhất, cần phải được thông báo một cách công khai, cụ thể đối với chủ nợ và người lao động trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày hợp đồng được thông qua.
Khi tiến hành hoạt động hợp nhất các doanh nghiệp, thì việc hợp nhất cũng ảnh hưởng quan trọng đến quyền lợi của chủ nợ hay những người lao động thuộc công ty trước khi hợp nhất. Chính vì thế, việc thông báo hợp đồng hợp nhất đến những đối tượng này là cần thiết, nhằm đảm bảo tối ưu quyền lợi của họ.
Bước 3: Hoàn tất thủ tục đăng ký daonh nghiệp, đăng ký thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp
Các thành viên, chủ sở hữu công ty hoặc các cổ đông của các công ty bị hợp nhất thông qua hợp đồng hợp nhất, Điều lệ công ty hợp nhất, bầu hoặc bổ nhiệm Chủ tịch Hội đồng thành viên, Chủ tịch công ty, Hội đồng quản trị, Giám đốc hoặc Tổng giám đốc công ty hợp nhất và tiến hành đăng ký doanh nghiệp công ty hợp nhất theo quy định của Luật doanh nghiệp.
Đồng thời, hệ quả pháp lý sau khi đăng ký doanh nghiệp, các công ty bị hợp nhất chấm dứt tồn tại; công ty hợp nhất được hưởng các quyền và lợi ích hợp pháp, chịu trách nhiệm về các khoản nợ chưa thanh toán, hợp đồng lao động và các nghĩa vụ tài sản khác của các công ty bị hợp nhất.