Chậm nộp tờ khai bổ sung thì sẽ không bị phạt mà bị phạt với số thuế phát sinh sau khi nộp tờ khai bổ sung.
Điều 12. Xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn
1. Các trường hợp khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, bao gồm:
a) Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, tăng số thuế được miễn, giảm nhưng người nộp thuế phát hiện và đã ghi chép kịp thời, đầy đủ các nghiệp vụ kinh tế làm phát sinh nghĩa vụ thuế trên sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ khi lập báo cáo tài chính, quyết toán thuế.
b) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm, người nộp thuế chưa điều chỉnh, ghi chép đầy đủ vào sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ kê khai thuế, nhưng khi bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện, người vi phạm đã tự giác nộp đủ số tiền thuế khai thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế.
c) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế xác định là có hành vi khai man, trốn thuế, nhưng nếu người nộp thuế vi phạm lần đầu, có tình tiết giảm nhẹ và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử phạt thì cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xử phạt theo mức phạt tiền đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm.
d) Sử dụng hóa đơn, chứng từ bất hợp pháp để hạch toán giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế được miễn, giảm, nhưng khi cơ quan thuế kiểm tra phát hiện, người mua có hồ sơ, tài liệu, chứng từ, hóa đơn chứng minh được lỗi vi phạm hóa đơn bất hợp pháp thuộc về bên bán hàng và người mua đã hạch toán kế toán đầy đủ theo quy định.
2. Mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm quy định tại Khoản 1 Điều này là 20% tính trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với mức quy định của pháp luật về thuế
Thông tư 166/2013/TT-BTC hướng dẫn xử phạt vi phạm hành chính về thuế
