Cần làm gì để phí thuê kho hàng là chi phí hợp lý?

Xin chào luật sư,

1. Công ty tôi là công ty TNHH có vốn đầu tư nước ngoài được thành lập từ tháng 6/2010. Công ty tôi có thuê nhà xưởng, nhà kho, văn phòng của công ty A( Cty A có 50% vốn đầu tư  tại cty tôi) từ tháng 10/2010. Hàng tháng Cty A xuất hóa đơn GTGT cho chi phí thuê này và cty tôi đã kê khai thuế hàng tháng và đưa vào chi phí hợp lý.

Nhưng do không biết rằng việc thuê nhà kho của cty A phải làm mẫu 08 điều chỉnh và gửi lên cơ quan thuế nên Cty chúng tôi chưa làm.

2. Công ty tôi thực hiện khấu hao TSCD theo phương pháp đường thẳng và vẫn chưa đăng ký phương pháp khấu hao với cơ quan thuế bằng văn bản.

Xin hỏi luật sư vi phạm trên của chúng tôi có nghiêm trọng không và nếu bị phạt thì sẽ bị phạt ở mức nào? Chúng tôi phải chuẩn bị hồ sơ bao gồm những gì để hoàn tất thủ tục trên ạ?

Xin cảm ơn luật sư.