Cần hỏi về khai báo thuế

Luật sư cho tôi hỏi, Công ty tôi mới thành lập được 2 tháng, hiện hợp tác với 1 cty (tạm gọi là công ty B), Cty B là người trung gian (kiểu như siêu thị) phân phối các sản phẩm của cty tôi, và nhận 1 phần chiết khấu từ công ty tôi. Tiền hàng họ thu được từ khách hàng sau khi trừ phí vận chuyển và phần hoa hồng của họ, mỗi tuần họ chuyển vào tài khoàn công ty chúng tôi.

Vần đề phát sinh là, bên cty tôi có nói sẽ xuất hóa đơn cho các khoản tiền mà họ chuyền qua tk ngân hàng nhưng họ nói họ không lấy, với lý do họ không phải là người mua hàng, nếu công ty tôi muốn xuất thì xuất cho khách hàng (người mua sản phẩm của công ty tôi).

Trong trường hợp này thì phải xử lý như thế nào, nếu giờ xuất thì sẽ phải xuất cho hàng trăm khách hàng cá nhân và hiện công ty tôi chỉ mới làm thủ tục xin mẫu hóa đơn đỏ

Mong luật sư giúp đỡ