Mất hóa đơn thì bạn xử lý theo Thông tư 64/2013/TT-BTC
Điều 22. Xử lý trong trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn
1. Tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh nếu phát hiện mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập hoặc chưa lập phải lập báo cáo về việc mất, cháy, hỏng và thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp (mẫu số 3.8 Phụ lục 3 ban hành kèm theo Thông tư này) chậm nhất không quá năm (05) ngày kể từ ngày xảy ra việc mất, cháy, hỏng hóa đơn. Trường hợp ngày cuối cùng (ngày thứ 05) trùng với ngày nghỉ theo quy định của pháp luật thì ngày cuối cùng của thời hạn được tính là ngày tiếp theo của ngày nghỉ đó.
2. Trường hợp khi bán hàng hóa, dịch vụ người bán đã lập hóa đơn theo đúng quy định nhưng sau đó người bán hoặc người mua làm mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn bản gốc đã lập thì người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, trong biên bản ghi rõ liên 1 của hóa đơn người bán hàng khai, nộp thuế trong tháng nào, ký và ghi rõ họ tên của người đại diện theo pháp luật (hoặc người được ủy quyền), đóng dấu (nếu có) trên biên bản và người bán sao chụp liên 1 của hóa đơn, ký xác nhận của người đại diện theo pháp luật và đóng dấu trên bản sao hóa đơn để giao cho người mua. Người mua được sử dụng hóa đơn bản sao có ký xác nhận, đóng dấu (nếu có) của người bán kèm theo biên bản về việc mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế. Người bán và người mua phải chịu trách nhiệm về tính chính xác của việc mất, cháy, hỏng hóa đơn.
Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn liên 2 đã sử dụng có liên quan đến bên thứ ba (ví dụ: bên thứ ba là bên vận chuyển hàng hoặc bên chuyển hóa đơn) thì căn cứ vào việc bên thứ ba do người bán hoặc người mua thuê để xác định trách nhiệm và xử phạt người bán hoặc người mua theo quy định.
Còn về xử phạt mất hóa đơn thì bạn xem tại Nghị định 109/2013/NĐ-CP
Điều 39. Hành vi vi phạm quy định về sử dụng hóa đơn của người mua
1. Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 4.000.000 đồng đối với hành vi làm mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập (liên giao cho người mua) để hạch toán kế toán, kê khai thuế và thanh toán vốn ngân sách, trừ trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn do thiên tai, hỏa hoạn.
