Bồi thường chi phí đào tạo như thế nào?

Xin Thuvienphapluat cho hỏi:
Ở cơ quan tôi có một nhân viên được đơn vị cho đi học chuyên môn nâng cao trình độ (học Chuyên khoa I), tự đóng học phí, nhưng vẫn lãnh đầy đủ lương và các khoản phụ cấp. Vừa hoàn thành khóa học, nhân viên này nộp đơn xin chuyển công tác nhưng không được chấp nhận nên làm đơn xin thôi việc.
Theo NĐ 54/2005/NĐ-CP và các văn bản có liên quan (130/2005/TT-BNV, 21/2003/TT-BLĐTBXH), nếu theo giấy trắng mực đen thì trường hợp nói trên, theo tôi, không phải bồi thường chi phí đào tạo mà còn được hưởng trợ cấp thôi việc (nếu nghỉ sau 45 ngày) vì trong các văn bản trên chỉ nêu là bồi thường các chi phí cho khóa đào tạo, trong khi nhân viên kia tự đóng học phí. Xin Thuvienphapluat cho hỏi, các chi phí lương, phụ cấp mà nhân viên mà nhân viên này được hưởng trong thời gian đi học có được tính là chi phí đào tạo không? Trong trường hợp cụ thể này, sẽ giải quyết như thế nào? Có được hưởng trợ cấp thôi việc không?
Xin chân thành cám ơn!