Khai thuế thu nhập doanh nghiệp là khai tạm tính theo quý, khai quyết toán năm và khai quyết toán đến thời điểm có quyết định về việc doanh nghiệp thực hiện chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi hình thức sở hữu, giải thể, chấm dứt hoạt động. Đối với doanh nghiệp khi sáp nhập lại với nhau theo quy định tại Khoản 3, Điều 16 Thông tư 151/2014/TT-BTC về khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp. Theo đó, “Khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm và khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp đến thời điểm có quyết định về việc doanh nghiệp thực hiện chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi hình thức sở hữu, giải thể, chấm dứt hoạt động”.
Như vậy Doanh nghiệp sẽ phải nộp tờ khai quyết toán thuế khi sáp nhập doanh nghiệp đến thời điểm có quyết định về việc sáp nhập doanh nghiệp. Việc lập tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp là theo năm tài chính hoặc năm dương lịch và thời hạn cuối nộp tờ khai là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính
Ngoài ra theo quy định tại Khoản 3 Điều 3 Thông tư 78/2014/TT-BTC nếu doanh nghiệp khi sát nhập mà năm cuối cùng khi sáp nhập ngắn hơn 3 tháng thì được phép cộng với kỳ tính thuế năm trước đó để tạo kỳ tính thuế mới. Doanh nghiệp khi sáp nhập kỳ tính thuế năm cuối cùng không vượt quá 15 tháng. Doanh nghiệp có thể gộp hồ sơ quyết toán thuế khi sáp nhập doanh nghiệp với hồ sơ quyết toán thuế của năm trước nếu kỳ tính thuế năm cuối cùng không vượt quá 15 tháng theo quy định của Luật thuế TNDN.
Doanh nghiệp phải nộp hồ sơ khai quyết toán thuế khi sáp nhập doanh nghiệp trong thời hạn 45 ngày kể từ ngày có quyết định về việc doanh nghiệp sáp nhập theo quy định tại Điểm e Khoản 3 Điều 10 Thông tư 156/2013/TT-BTC
